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1、《个人所得税法实施条例》第二十五条规定，按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）第一条规定，企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税；个人按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。
根据上述规定，目前允许在个人所得税收入中扣除的保险仅限于上述基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，对于其他的保险一律不得从个人所得税应纳税所得额中扣除。
2、《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）第二条规定，根据《住房公积金管理条例》、《建设部财政部中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》（建金管[2005]5号）等规定精神，单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行。
单位和个人超过上述规定比例和标准缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
所以，企业应参照上述规定，能在个人所得税前扣除的住房公积金应为上一年度月平均工资12%以内的实际缴存额度，且基数不能超过当地上年职工月平均工资的3倍。对于问题所述情形，虽然额度未超，但比例超过12%，对于超过部分应缴纳个人所得税。
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