“职业病诊断”是省级以上人民政府卫生行政部门批准获得职业病诊断行政许可的医疗卫生机构对劳动者的病理改变是否与其职业环境有关作出的事实认定。“临床疾病诊断”是合法的医疗机构根据其诊疗科目对患者的临床症状及病理改变和治疗建议作出的事实认定。概括起来讲，两者存在着明显的区别。
首先，法律依据不同。职业病诊断是根据《职业病防治法》的规定，劳动者可以在用人单位所在地或者本人居住地依法承担职业病诊断的医疗卫生机构进行职业病诊断。临床疾病诊断是医师根据《执业医师法》，在执业活动中享有基本的诊断治疗权。执业医师在注册的执业范围内，进行医学诊查、疾病调查、医学处置、出具相应的医学证明文件以及选择合理的治疗方案等，都是符合法律规定的。
其次，诊断目的不同。职业病诊断是为了确定劳动者的疾病病理改变是否与职业环境有法律上的因果关系，从而为后期行政认定、行政处罚提供专业证据。临床疾病诊断是通过各种检查，使用药物、器械及手术等方法，消除疾病或缓解病情，帮助患者恢复健康。
第三，法律属性不同。职业病诊断是卫生行政机关针对专业医学问题委托法定机构进行的一种行政鉴定。而医学专家作出的临床疾病诊断，法律属性属于专家意见范畴，绝非行政鉴定。
第四，承担机构与法律责任不同。职业病诊断必须由省级以上人民政府卫生行政部门批准的医疗卫生机构承担。临床疾病诊断须由卫生行政部门批准的医疗机构和具有合法职业范围的执业医师承担。如对未取得执业卫生技术服务资质认证擅自从事职业病诊断的，行政部门可根据《职业病防治法》第七十二条的规定，责令其立即停止违法行为，没收违法所得并处相应的罚款。情节严重者还可以依法对其给予降级、撤职或者开除的处分。
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