2013年9月，崔永元发微博对转基因产品提出质疑，之后方舟子发微博称“你当然可以选择不吃，但是不要传谣阻碍中国农业技术发展。”由此引发双方争论。
据方舟子称，经初步整理，发现崔永元自2013年11月15日起先后发表了数十篇微博信息攻击自己，其中使用了“以肘子为头目的网络流氓暴力集团”、“肘子最脏，坑蒙拐骗都干过，可它是三无人员脸皮又奇厚”、“骗子”、“流氓”等大量明显侮辱诽谤的内容，于是他决定提起诉讼。
诉讼请求包括，判令崔永元删除上述微博停止侵害，判令在媒体赔礼道歉以消除影响、恢复原告名誉，同时判令赔偿精神抚慰金30万等。方舟子的律师表示，由于有一些证据还在公证，预计将在今日上午拿到手，因此计划今日拿到后再到海淀法院立案庭递交相关材料。
昨日下午，崔永元电话始终无人接听，其在自己的微博上对此事做出了回应，称“肘子诉状写完了，现在可以有时间整理一下自己造过多少谣、侮辱过多少人、犯过多少次法了。新春伊始，万象更新，你重新做人的机会到了。不得不表扬的是，你终于选择了一次正确地解决问题的方法，早知如此，何必当初。当然我认为你胜诉的几率等于零，还是要鼓励你走正路不走邪路”。
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