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根据实际情况可以约定盈余分配、分期支付、折价补偿、合伙经营和作价入股。根据最高人民法院《关于人民法院审理离婚案件处理财产分割问题的若干具体意见》的规定：夫妻分居两地，分别管理使用的婚后所得财产，应该为，对夫妻共同财产，原则上均等分割。根据产生的实际需要和财产来源等情况，具体处理时也可以有所差别，对于分居两地的夫妻，在分割财产时各自分别管理使用的财产为各自所有，对所分财产相差悬殊的，差额部分由多得财产的一方以与差额相当的财产抵偿另一方。夫妻关系存续期间开办的企业，其产权、经营权，除另有约定的以外，在离婚时一般按照下列原则处理;(一)约定盈余分配。一方占有企业产权并具有经营权，自己经营，自负盈亏，独立承担责任，但将企业纯利润按一定比例给付对方。对方不以企业名义对外承担责任，不参与企业纯利润按一定比例按期给付对方。对方不以企业名义对外承担责任，不参与企业经营管理。这种方式不破坏企业的完整。不影响企业的经营管理。(二)分期支付。为保护企业正常发展，补偿对方相当于全部财务总额的一半，但不是一次性支付，而是分期支付。(三)折价赔偿。根据有利于企业发展的原则，将企业产权、经营权确定给有经营能力的一方，该方支付相当于企业全部财产一半价值的现金给另一方。但由于企业有远期利益和无形资产，这种补偿的一方有时是不公平的;同时经济补偿可能影响企业的正常运转，因此，这种方式可以谨慎使用。(四)合伙经营。企业作为整体不变，但双方约定各持一定份额，并在一定时间内不准另一方抽出资金。双方共同出资，共同经营，按比例分配盈余。如果一方不愿共同经营，可以将企业的份额作为入伙份额，按照比例参与盈余分配。(五)作价入股。为不破坏企业的完整，接受一半价值补偿的一方可以将其补偿以股份的形式入股，参与企业的红利分配。总之，离婚时，在企业产权、经营权的处理上，要考虑企业的长远发展，科学合理地予以分割。
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