案情如下：
该小学位于甲村，在2003年被鉴定为D级危房，为了附近村的学生上学方便，校方联合附近甲、乙、丙、丁四村的支书多次商量，决定筹资建校。所以四村决定按人口比例来出资，原计划甲村12万元、乙村7万元、丙村6万元、丁村5万元。2004年开始与施工方签订合同进行施工，但是由于各村资金问题，甲村先出资，乙村支付了3.5万，丙丁两村却不肯出钱，经过乡党委多次协调，先由甲村为其他三村垫资11.5万，后丙村出资1万，丁村出资5000元， 2005竣工后仍欠施工方1.5万。此时三村按照合同欠工程款为：乙村3.5万、丙村5万、丁村4.5万，总共13万。
2008年县政府召开“普九化债”政策，会后甲村支书找到学校校长和会计（同时他还是乙村的支书）商议化债问题，为了避免麻烦，他提议将13万欠款全部定位欠施工方的钱往上报。期间，丙村多报了1万，丁村多报了5000元，使得原来的13万欠款变成了14万。经过各级领导的审核，将债务锁定并进行了公示。政府经两年时间将资金如数打入施工方的账户上。然后各村将学校欠的钱从施工方支出，剩余的为甲村所有。
现在有人到纪委告发甲村支书，纪委简单调查之后，将从化解资金12 6540元减去1.5万后，将剩余的11 1540元认定为套取国家专项资金，并将甲乙两村支书当主犯治罪。其他人无罪。
现在我想咨询律师的问题是：（1）既然是化债，为什么只将欠施工方的钱定义为债务，而村与学校的欠债却不是债务，纪委这样认定是否合理？
（2）当时申请“普九化债”是校方、四村共同参与的，为什么治罪的时候只有甲乙两村的支书？