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你们公司可以向法院提起诉讼，但如果调解协议不存在可撤销或者无效的情形，法院会按照调解协议的约定作出相应判决。根据最高人民法院《涉外商事海事案件适用法律审判实务问题解答》的规定，依照《海上交通安全法》的规定，主管机关可以对海事事故引起的民事赔偿纠纷进行调解处理。但该调解协议不具有法律上的强制力。当事人之间达成调解协议后一方反悔向法院提起诉讼的，应予受理。《合同法》规定，有下列情形之一的，合同无效：一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的；损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规定。下列合同，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销：因重大误解订立的；在订立合同时显失公平的。一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。当事人请求变更的，人民法院或者仲裁机构不得撤销。可见，交通事故民事纠纷双方当事人达成调解协议后，当事人仍然可以向法院提起诉讼，但由于协议是属于双方当事人的合意，如果没有出现合同可撤销或者合同无效的情形，法院会按照调解协议的约定作出相应判决。
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