您好，云法律专业民商法律师为您解答如下：
法律规定孩子的户口在父母任何一方都可以。你妹妹的户口既可以在她父亲那边，也可以在母亲这边。现在要把你妹妹的户口从他父亲那边迁到你母亲这边是可以的，但要征得户主的同意，建议与对方协商解决，具体的操作建议你询问当地的户籍管理部门（派出所户籍管理科）。如有其它疑问，可来电咨询。《户口登记条例》第10条第1款规定：公民迁出本户口管辖区，由本人或者户主在迁出前向户口登记机关申报迁出登记，领取迁移证件，注销户口。
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