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双方未办理结婚登记，应当按照不同的情况区别对待，建议双方协商解决，协商不成，再向人民法院起诉解决。根据最高人民法院关于婚姻法的司法解释，未按婚姻法规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，起诉到人民法院要求离婚的，应当作以下区别对待：（一）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理；（二）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记；未补办结婚登记的，按解除同居关系处理。94年以后在一起的，未办理结婚登记，双方分开即可解除同居关系，不需要办理离婚登记。另外，孩子抚养权问题，由于一方在服刑，另一方为孩子的法定监护人，有权要求直接抚养孩子，除非有不适合抚养孩子的法定条件，任何人不得任意干涉。
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