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你不能就劳动争议直接向法院起诉，应当先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，可再向人民法院起诉。因为你与工厂因加班费的支付问题产生争议，属于劳动争议案件，劳动争议必须先仲裁。根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，发生劳动争议，当事人可以到下列调解组织申请调解：（一）企业劳动争议调解委员会；（二）依法设立的基层人民调解组织；（三）在乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织。企业劳动争议调解委员会由职工代表和企业代表组成。职工代表由工会成员担任或者由全体职工推举产生，企业代表由企业负责人指定。企业劳动争议调解委员会主任由工会成员或者双方推举的人员担任。发生劳动争议的劳动者和用人单位为劳动争议仲裁案件的双方当事人。劳务派遣单位或者用工单位与劳动者发生劳动争议的，劳务派遣单位和用工单位为共同当事人。劳动者对本法第四十七条规定的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。当事人对本法第四十七条规定以外的其他劳动争议案件的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼；期满不起诉的，裁决书发生法律效力。因此，劳动争议案件要先经过劳动仲裁审理，劳动仲裁裁决后，当事人如果不服仲裁裁决，才能向法院起诉，这就是法律上规定的劳动争议案件的“仲裁前置程序”。
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