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主合同和补充协议规定不一致的，可以由当事人约定选择其中一个履行，合同双方无法达成一致意见的，以合同中是否有相关约定为主，即发生矛盾时适用哪个合同的约定。没有约定的，一般来说，补充协议是对主合同的补充说明，应当是双方最新意思表示，可以按照补充协议规定处理；当然，也有例外情况。根据《合同法》第二十二条规定，合同未尽事项，可由双方约定后签订补充协议。购房人要注意的是不同的人对补充协议的法律效力有时会有不同的解释，一种解释是：补充协议仅仅是对主合同的一种补充，如果补充协议与主合同表达的意思不一致，应以主合同所表达的含意为准；另一种解释则认为：补充协议是对主合同内容的修正，如果补充协议与主合同表达的意思不一致，应以补充协议所表达的含意为准。
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