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你将车子借与你朋友使用，确实不知道其是进行违法犯罪的，可以向人民法院申请要求在案件审理结束后，返还你的摩托车。公安机关直接表明该摩托车系犯罪工具是不妥当的，案件未审判之前，任何人不得确定犯罪嫌疑人有罪，因此也不能直接认定摩托车系犯罪工具。我国《刑法》第六十四条规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。我国《刑事诉讼法》第12条规定：“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”。《公安机关办理刑事案件程序规定》第222条又规定：“对扣押的犯罪嫌疑人的财物及其孽息中，作为证据使用的实物应当随案移送；对不宜移送的，应当将其清单、照片或其他证明文件随案移送。待人民法院作出生效判决后，由扣押的公安机关按照人民法院的通知，上缴国库或者返还受害人，并向人民法院送交执行回单。”由此可见：首先，涉案物品是否属于犯罪工具只能由人民法院作出判决，其他机关没有犯罪工具的定性权；其次，犯罪工具应当由人民法院审判认定后再行没收，公安机关作为刑事案件的侦查机构，只能对涉案物品予以暂时扣押，而不能未经审判直接没收。
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